El programa de Secundaria Comunitaria SECOM está dirigido a las comunidades que por sus características geográficas o demográficas no cuentan con otros servicios educativos que atienda el nivel educativo de la secundaria.

Esta situación implica que los grupos que se atienden en SECOM tengan un promedio de estudiantes de entre 5 y 15 por instructora o instructor y que las comunidades sean lejanas o de difícil acceso.

La propuesta didáctica está basada en la metodología multinivel y tiene el enfoque de educación comunitaria que caracteriza al CONAFE. SECOM retoma los principios pedagógicos y de organización de la Primaria Comunitaria, los cuales están contenidos en el Manual del Instructor Comunitario, así mismo, el enfoque de planeación de la práctica docente del Preescolar Comunitario.

En la Secundaria Comunitaria se trabajan los contenidos establecidos por la Secretaría de Educación Pública, para la educación secundaria en nuestro país.

Con base en el trabajo por módulos, en la Secundaria Comunitaria se realiza un proceso didáctico que valora los conocimientos comunitarios que los estudiantes traen a la escuela, ello da continuidad y pertinencia a las actividades educativas y permite enriquecerlos vinculándolos con otros saberes y conocimientos que están agrupados y ordenados en los materiales y contenidos establecidos por la SEP para este nivel educativo. Considerando la necesidad de tener algunas herramientas básicas para enfrentar el desarrollo de los módulos, y sumando esto, a la necesidad de cubrir aspectos disciplinares no incluidos en los mismos, se ofrecen los talleres y experimentos como espacios complementarios. Esto nos garantiza, por un lado, poder ofrecer una visión modular para enfrentar los aprendizajes  para la vida, y por el otro, satisfacer la visión de conocimientos para la educación media superior.